Que yo sepa, el caballo castrado siempre da muchos menos problemas que el caballo entero. Son más regulares en el trabajo, más fáciles en su manejo, se pueden soltar con yeguas sin problemas, pueden tener su box al lado de un entero o una yegua... Casi todo son ventajas, a no ser que por su excepcional calidad quieras conservarlo entero para criar.
Las desventajas es que puede que pierdan brío, pero este brío lo suelen mostrar en presencia de otros caballos o de yeguas, y a veces puede irse de las manos (por ejemplo, que intente montar a una yegua o pelearse con otro entero, con sus respectivos jinetes/amazonas montados). En el caballo español la acumulación de grasa en el cuello tiende a caerse cuando lo castran.
Por lo demás, yo sólo veo ventajas en tenerlo castrado. Sólo conozco dos enteros que eran tan mansos que no daban ningún problema ni de comportamiento ni con yeguas así que se les ha mantenido enteros. En los dos casos era PRE, de hecho creo que es la única raza que se mantienen enteros aunque no estén destinados a ser sementales.