La paja de centeno es la más dura de la de los cereales, y por eso se usa en guarnicionería, techados de casas, y poco más.
No pasa nada por ponerla de cama, excepto porque no es cómoda para el animal si se tumba, porque "pincha". Si el caballo intenta comérsela, no la encontrará muy apetecible porque es dura.
Saludos,