¿Hongos para siempre? Ojiplática me hallo.
A ver, existe lo que llamamos alergia (no hongos) estival, que se trata de que el caballo se rasque crines, cola e incluso le salgan costras por el cuerpo debido a la alergia a un mosquito llamado culicoides. Si ese fuese el caso, a estas alturas del año debería no tener nada o tener muchísimo menos que en verano, y le habrías visto rascarse todo el tiempo.
Para eso no existe cura, pero hay muchas cosas que puedes hacer: inyectar un antialérgico, poner una manta para las moscas durante la noche, ponerle cremas hidratantes que alivien el picor, administrarle hierbas naturales con el pienso que le ayuden desde dentro... Pero hablamos de una alergia, no hongos.
Si tu caballo tiene hongos, tiene cura. Si con un fungicida no funciona, se puede hacer un raspado de la zona y mandarlo a laboratorio para que te digan qué hongo o afección es exactamente y hacer un tratamiento específico (algunos hongos no reaccionan a tratamientos generales).
También puede ser que tenga sarna, algo que también se ve mandando una muestra y que no reacciona al fungicida porque no es un hongo, sino una infección por ácaros que requiere de tratamiento contra los ácaros.
Yo llamaría al que te mandó el fungicida y le pediría que te haga una biopsia. No será barato, pero a la larga te será más caro ponerle de todo como si no hubiese un mañana y sin resultado.