Hola Sandra,
Con esa edad el potro es susceptible de padecer distintas patologías respiratorias. Si mejoró con penicilina, posiblemente el agente causante de la enfermedad sea sensible a ese antibiótico. Deberías hablar con tu veterinario y comentárselo, porque es posible que necesite un ciclo de antibióticos más largo (de 5 a 10 días) para hacer desaparecer completamente la infección o quizás decida decantarse por otro tratamiento. Es importante que si has establecido un tratamiento antibiótico elimines completamente la infección, ya que el hecho de que haya hecho una mejora y tras eliminar el antibiótico haya empeorado otra vez, es susceptible de crear resistencias y este es un tema que debemos de evitar dentro de lo posible.
Un saludo