Padre castaño y madre torda no veo por qué habría de ser casi imposible que fuera negro. La madre sólo sabemos que es torda, no asbemos qué capa hay debajo de ese tordo, ni qué genotipo tiene. Lo mismo era negra, o castaña heterocigota para el Agouti... Y según la genética que tenga el padre, dependiendo de la de la madre, puede haber tenido hasta el 50% de posibilidades de salir negro. 25%, si tenemos en cuenta el factor "tordo" (porque la mitad de esas posibilidades de ser negro tendrían también la posibilidad de ser también tordo, con lo cual, negro + tordo = tordo). Aunque la madre fuese castaña podría salir negro también... Sólo con que padre y madre fueran Aa en lugar de AA ya lo tienes. Incluso alazán podría salir.
Fíjate si tiene pelitos blancos alrededor de los ojos, si es así lo más seguro es que sea tordo también. Si no los tiene no te asegura que no sea tordo, podría ser que lo expresase más tarde.
EDITO que acabo de leer que ya has mirado los pelos de alrededor de los ojos.