Efectivamente, hay excepciones a las leyes de Mendel. De hecho, yo diría que la mayoría de las herencias genéticas son excepciones a las leyes de Mendel, ya que Mendel no tuvo en cuenta expresividad, penetrancia, codominancia... Ni la posibilidad de que hubiera más de dos alelos diferentes para cada gen. Y tampoco tuvo en cuenta que la presencia de ciertos genes puede modificar la expresión otros, o amplificarla; tampoco tuvo en cuenta el fenómeno de la impronta del ADN, ni la ligadura de unos loci a otros... En fin, que se le escaparon muchos detalles, que le perdonamos por lo verde que estaba el asunto de la genética todavía
Los jerbos y los caballos no tienen la misma genética en cuanto a los colores. Lo mismo con los perros, los gatos, etc. De hecho, si el color de los jerbos depende sólo de 5 genes (que yo eso no lo sé, es lo que tú dices), hay una diferencia abismal entre la genética de capas de caballos y de jerbos, ya que en caballos hay montones de genes conocidos que determinan su color, y los que quedan por secuenciar. Por poner un ejemplo de capa muy poco conocida en caballos, que sí es muy común en perros: brindle, o atigrado. En los perros es muy frecuente, por ejemplo en boxer, y se conoce bien la genética que condiciona este color, cómo se transmite, etc. SIn embargo en caballos se ha visto que no es ni parecido. Es un fenómen extraño, que generalmente no se hereda (hay algún caso en el que sí, pero es excepcional), y no se conoce la genética que lleva a que el caballo presente una capa atigrada.
El agoutí recibe el nombre del gen encontrado en ratones. Se epnsaba al principio que era igual que el de los ratones agoutí, y se le dio ese nombre. Luego se vio que no, que en los caballos era diferente.
Digan lo que digan los ganaderos que, como dices, no están versados en genética, el tordo NUNCA es recesivo. Sea del tipo que sea. Sin excepciones. Si la yegua da casi siempre potros que llevan la capa del padre será porque es eeaa, es decir, alazana sin factor agoutí, como capa base. Al ser homozigota para fenotipos recesivos cualquier cosa que le eches tapará su genética, y el potro será del color del padre (si no saca el tordo, claro). Ejemplo: yegua eeaa, macho EEAA (castaño): el potro será siempre EeAa, es decir, castaño. Y si el macho es EEaa ( negro), el potro será Eeaa, es decir, negro también. Y si el macho es EEAa (castaño, heterozigoto para el agoutí) el potro puede ser EEAa (castaño) o EEaa (negro). Si el macho es portador de uno o dos e (es decir, que sea Ee o ee) saldrá alazán en el 50% de los casos si era un macho Ee, o 100% si era un macho ee. En este caso te dará igual el agouti, porque en alazán no se expresa.
Resultado de todo esto: la yegua dará potros que expresan la capa del padre en la mayoría de los casos, y si se cumpliera a rajatabla la ley de probabilidades, el 50% de sus potros serían tordos. Pero en la vida real no se cumple 100%, por lo que hay caballos Gg que dan montones de potros tordos, y caballos Gg que apenas dan unos pocos. Eso e ya cuestión de suerte.