Hola, es un comportamiento lógico para un potro de 3 años, máxime si como dices ya se le ha domado ''del todo'', eso es que las cosas han ido demasiado rápido.
Probablemente le enseñaron la ducha con prisas y ahora el caballo tiene miedo. El caballo es un animal asustadizo pero también muy curioso, utiliza estos dos factores a tu favor.
Un día, con tiempo, lleva al caballo con un ramal largo (de los de dar cuerda, por si tira) y la cabezada de cuadra a la ducha. Ve firme hacia la ducha e intenta que no se pare (es decir, actúa como si metieses a un caballo adulto que entra y sale a la perfección) Si el potro muestra reticencias déjale que observe el lugar, que huela todo, que vea que no hay nada malo. Sácalo e intenta meterlo de nuevo del tirón. Tras varios intentos el caballo entrará sin problemas.
Es importante que lleves una cuerda larga para evitar que te tire o que se escape en caso de que recule. También es importante soltarle si ves que se está poniendo nervioso dentro de la ducha. Hay que saber medir los niveles de estress, evidentemente las primeras veces que entre a la ducha estará nervioso; si los nervios se convierten en algo malo y el caballo empieza a pasarlo mal de verdad es mejor sacarlo.