Hola,
Yo estoy desde hace meses en un procedimiento judicial para recuperar a mi caballo, así que puedo llegar a entender tu situación. Yo teniendo solo el número de microchip del caballo no puedo acceder a los datos, está restringido solo al actual propietario, ya que piden DNI y numero de microchip del animal. Podrías intentar llamar a la consejería de agricultura y ganadería, o lo que corresponda en tu comunidad autónoma, para intentar ver si te pueden facilitar cualquier dato, pero puede que te pongan excusas por la Ley de protección de datos.
Mi consejo es que intentes hacerlo mediante tus medios, si conoces a alguien o sabes de alguien que pueda tener idea, un antiguo propietario o lo que sea, creo que te dará menos quebraderos de cabeza.
Un saludo!