Cuanta más consanguidad, más posibilidades tienes de que salgan caballos con algún defecto.
Entre otras cosas, porque si en la familia hubiera un gen escondido que provocara en doble aparición (homocigosis) alguna enfermedad, pues se multiplicaría el riesgo.
Por ejemplo digamos que mi abuelo tiene un alelo recesivo que en homocigosis (que aparezcan los dos en un individuo) provoca el síndrome X. L frecuencia de ese alelo en la población es muy pequeña (por ejemplo de un 1%). Partiendo de la base de que hay un 50% de probabilidades de que cada generación herede ese alelo.
Su hijo sería mi padre, con lo cual tendría un 25% de probabilidades de heredarlo yo (0,50 de tenerlo él *0,50 de que me lo pase).
Si mi madre fuera un individuo de la población normal, tendría un 1% de probabilidades de tenerlo, un 50% de heredarlo yo(0,50*0,01). En conclusión, yo tendría un 0,125% (0,25*0,)de probabilidades de heredar ambos y, por ende, salir enferma.
Sin embargo, si mi madre y padre fueran hermanos, la probabilidad de que mi madre tuviera el alelo malo y me lo pasara, sería igual a la del padre. Con lo que quedaría así:0,25*0,25= 6,25%. La probabilidad aumenta considerablemente.
Tu caso no es éste exactamente, pero espero que así entiendas mejor las consecuencias que puede acarrear la consanguinidad. En caballos la verdad es que he visto echar un semental a su misma madre y han salido buenos potros...pero en todas las ganaderías suelen aportar algo de sangre de fuera casi todos los años, por algo será.